A Deus Ex Mankind Divided a játékmenet terén szinte csak finomhangolásokat alkalmaz a közvetlen elődhöz képest, ezáltal most is egy belsőnézetes akció-szerepjáték vár ránk, amelyben a tűzharcok mellett kiemelkedő szerep jut a történetnek, a döntéseknek, a fejlődési rendszernek, a lopakodásnak, ezen felül pedig olyan apróságoknak is, mint a fentebb említett augmentációk.

Bármilyen feladattal is kerülünk szembe, szabadon választhatunk majd, hogy miként teljesítjük azt. Választásunknak természetesen következményei lesznek, így akár felbőszült akcióhősként rontunk rá ellenfeleinkre, akár csendben, a számítógépes rendszerek feltörésével lopakodunk át a pályákon, más és más eredmények várnak majd ránk. Minden egyes, többnyire a valóságról mintázott helyszín eltérő kihívásokkal kedvez, azonban mindegyik óriási szabadságot is nyújt, ezáltal mi dönthetünk például abban is, hogy a főellenfelekkel összemérjük-e tudásunkat, vagy inkább csendben továbbállunk.

A játékban minden eddiginél precízebb és agresszívebb mesterséges intelligencia vár ránk, ezáltal ellenfeleink folyamatosan mozognak, fedezéket keresnek és összedolgoznak annak érdekében, hogy likvidáljanak minket. Nem csak mi, ők is használhatnak kibernetikus végtagokat és kiegészítéseket, amelyek mellett ráadásul még mechákat és exoskeletonokat is bevethetnek. Örülhetnek az augmentációk szerelmesei, a Deus Ex Mankind Divided elődjéhez képest ugyanis legalább kétszer annyi kibernetikus fejlesztést tesz elérhetővé, amelyek által hősünket rengeteg rejtett és speciális képességgel vértezhetjük fel, ezáltal igazi szuperkatonává varázsolva őt. Adam Jensen hatását tovább fokozhatjuk a szintén fejleszthető fegyverekkel is, amelyek különféle lőszertípusokkal, tüzelési módokkal és tulajdonságfejlesztő alkatrészekkel vértezhetők fel. Az akciók egyébiránt minden eddiginél részletesebbek lettek, ezáltal szkriptelt jelenetek nélkül, minden valós időben zajlik majd a pályákon, így valóban csak rajtunk múlik, hogy mi lesz az adott csata végkimenetele.