A The Rise of Cobra különböző szereplőinek osztályai közé tartozik a Commando , aki jól teljesít közelről, a Heavy Weapons , aki rendkívüli lövéstudással rendelkezik , de a legjobban távolról, és a katona, aki egyensúlyt teremt a kettő között.  A klasszikus "Yo, Joe!" A csatakiáltás benne van a játékban, a sebezhetetlenség megerősítésére szolgál, amikor a GI Joe karakter hozzáfér az Accelerator Armorhoz, lehetővé téve számukra, hogy sértetlenek maradjanak, miközben megtámadják a Cobra csapatokat és járműveket