A cselekmény valós események alapján kitalált történetében játszódik, és a béke és a szabad akarat megőrzéséért küzdő assasinok és a templomosok közötti évezredek óta tartó harcot követi nyomon, akik az irányítás révén békére vágynak. A kerettörténet a 21. században játszódik, és a sorozat főszereplőjét, Desmond Milest alakítja, aki, miután a Testvériség eseményei során kómába esett, újra át kell élnie ősei emlékeit az "Animus" készüléken keresztül, hogy felébredjen, és megtalálja a módját annak hogy elkerülje. a 2012-es apokalipszis. A fő történet 1511 és 1512 közötti éveket öleli fel, és egy idős Ezio Auditore da Firenzét (a trilógia főszereplőjét) követi, amint Konstantinápolyba utazik, hogy megtalálja az Altaïr Ibn-LaʼAhad által három évszázaddal ezelőtt épített boltozat kinyitásához szükséges öt kulcsot. a sorozat első játékának főszereplője). Miközben a kulcsokat keresi, Ezio az oszmánok és a bizánciak közötti viszályba keveredik, és rájön, hogy a templomosok is megpróbálják feloldani Altaïr páncéltermét és titkait.