A játék 2006-ban kezdődik Kaliforniában , ahol az Egyesült Államok Fegyveres Erőinek és a VSSE szervezetének hírszerzői értesülnek egy szigorúan titkos fegyverről, amelyet terroristák csempészetére céloztak, és azok tervét. William Rush behatol egy mólóba, hogy információkat gyűjtsön, és megtudja, hogy az ellenség rovarszerű fegyvereket, a Terror Bites-t szerzett. Elizabeth Conway tájékoztatta a repülőtéri incidensről, és Rush elkíséri a VSSE ügynökeit, Giorgio Brunót és Evan Bernardot. Legyőzték Marcus Blacket a városban. Minden katonán felfedezik az Egyesült Államok hadseregének kutyacímkéit. Ezután kiderül, hogy a terrorista frakció a Biológiai Fegyverek Különleges Műveleti Egysége (AKA a Hamlin zászlóalj). Rush ezután további információkat gyűjt a Hamlin zászlóaljról, és legyőzi Frank Matherst a közeli gáton. Felfedezi, hogy a gát elfoglalása elterelés volt a fő egység számára, hogy megtegyék a következő lépést a Terror Bites ellopása terén. Rush, Giorgio és Evan Wyoming eldugott biofegyverkutató létesítményébe repülnek , de már túl későn vannak ahhoz, hogy megakadályozzák a Terror Bites készletének ellopását. Jack Mathers legyőzése után hamarosan megtudják, hogy a Hamlin zászlóalj megtámadja a Buckley légibázist Aurora államban , Colorado államban , ami arra készteti a férfiakat, hogy elinduljanak a bázisra. Ahogy megérkeznek, számos pilóta nélküli harci repülőgép (UCAV) figyelmeztetés nélkül elhagyja a bázist. Rush egy bejárat felé vezeti a Colorado Nemzeti Gárdát , míg Giorgio és Evan az UCAV-okat próbálják vigyázni