Ezio Auditore da Firenze kalandjai nem értek véget az Assassin's Creed: Brotherhood-al. A történet minden eddiginél összetettebb, hiszen három szálon fut párhuzamosan. Ezio felmenője, Altair nyomdokait követve Konstantinápolyba utazik, és egy rejtett ereklye után nyomoz, miközben a távoli jövőben Desmond próbál szabadulni az Animus fogságából...