Gotham City ismételten nagy veszélyben van, mivel Joker újra a város feletti uralomra tör. Sőt, ehhez egy segítőtársat is talált Lex Luthor személyében, így Batmannek és Robinnak minden eddiginél nagyobb veszéllyel kell szembenéznie.

De ők se párban vágnak nekik a küzdelemnek, mivel segítségükre sietnek az Justice League több híres karaktere is: Superman, Wonder Woman, The Flash - több mint 50 szereplőt lehet a játékban összegyűjteni.Sőt, a LEGO Batman folytatása nem csak ebben nyújt újat, hiszen a játékban felfedezhetjük teljes Gotham városát, amihez különféle légi-, földi- és vízi járművek is igénybe vehetőek.